Data budowy drewnianej świątyni pw. św. Mikołaja nie jest znana. Murowany kościół powstał ok. 1600 r. z inicjatywy proboszcza ks. Baltazara Miaskowskiego. Przetrwał do potopu szwedzkiego, podczas którego spłonął wraz z miastem. W okresie zaborów w Fordonie dominowała społeczność żydowska i niemiecka. Kościół św. Mikołaja był niedużą jednonawową, orientowaną świątynią z drewnianą dzwonnicą umiejscowioną od strony Rynku. W 1923 r. podjęto decyzję o jego przebudowie. Według projektu poznańskiego architekta inż. Stefana Cybichowskiego na pierwotnej konstrukcji nabudowano nową neobarokową świątynię. Głównym inicjatorem był proboszcz ks. Leon Gawin-Gostomski. Z oryginalnego kościoła pozostało prezbiterium z ołtarzem, pełniące obecnie funkcję kaplicy, które wkomponowano we wschodniej ścianie nawy. Świątynię ukończono w 1929 r., a konsekrowano w 1933 r.. 2 października 1939 r. pod murami świątyni rozstrzelano ośmiu zakładników, w tym burmistrza Fordonu Wacława Wawrzyniaka. Na ścianie pozostały ślady po kulach, które znajdują się pod tablicą upamiętniającą tę zbrodnię. W 2022 r. z inicjatywy proboszcza ks. Karola Glesmera i społeczników odsłonięto nowoczesny pomnik ofiar według projektu Grzegorza Chojnackiego, wykonany przez kowala-artystę Zbigniewa Szeląga. Wnętrze kościoła jest w stylu neobarokowym. Ołtarz główny według projektu inż. Cybichowskiego mieści obraz Najświętszej Panny Marii z Wisłą w tle. Uwagę zwraca drewniana ambona udekorowana płaskorzeźbami przedstawiającymi czterech ewangelistów. Na chórze zamontowano dziesięciotonowe organy firmy Wilhelma Sauera z 1879 r., będące na wyposażeniu ewangelickiego kościoła św. Jana zamkniętego po zakończeniu wojny. 12 czerwca 1980 r. wieża kościoła św. Mikołaja spłonęła od uderzenia pioruna. Zniszczeniu uległy dzwony oraz hełm. Nowa konstrukcja jest bardziej uproszczona od oryginału i niższa o ok. 2 m.