Synagoga w stylu tzw. drugiego klasycyzmu została wzniesiona w latach 1827–1832. Stoi w miejscu drewnianej bóżnicy z 1764 r., która spłonęła w lipcu 1826 r. Nieznany jest architekt i budowniczy. Bóżnicę wzniesiono kosztem 10 tys. talarów. Szafę na regalia aron ha-kodesz zbudował bydgoski snycerz Samuel Goldbaum. Na zachodniej ścianie znajdowało się troje drzwi. Główne prowadziły na salę modlitewną i były przeznaczone dla mężczyzn, boczne wiodły na babiniec. Fasadę zdobi pięć półkolumn w stylu toskańskim. Nad portalami znajdują się okna babińca, pierwotnie półokrągłe. Synagoga była wyposażona w dwanaście wielkich okien. Po pięć na ścianach południowej i północnej oraz dwa na wschodniej. Wnętrze zostało całkowicie przebudowane w okresie powojennym, kiedy bóżnicę zaadaptowano na kino. Zamurowano okna. W miejscu drewnianego babińca powstały pomieszczenia na projektory kinowe i pokoje administracji. Salę modlitwy przedzielono ścianą nośną. Częściowo zabudowano ścianę wschodnią, gdzie zachowała się nisza i zarys szafy aron ha-kodesz. W górnej części znajduje się półokrągłe okno, obecnie zamurowane, z resztkami polichromii.

Bóżnica posiada imponującej wielkości dwuspadowy i dwujętkowy dach. Na drewnianej konstrukcji zachowały się znaki ciesielskie. Bóżnica posiadała 520 miejsc siedzących. Babiniec mieścił 250 kobiet i dzieci. Zachował się opis synagogi autorstwa koźmińskiego rabina Arona Heppnera i bydgoskiego nauczyciela Izaaka Herzberga, który podkreśla piękno szafy na regalia, kunsztowną konstrukcję fotela rabina i dużą wartość stolika do obrzezań.

Wśród członków gminy, którzy partycypowali w kosztach budowy i wyposażenia bóżnicy byli Zwi Hirsch ben Jechiel, fundator lampy ner tamid oraz Mosze ben Jehuda, fundator Tory.

Synagogę zamknięto w 1932 r., włączając gminę fordońską do Bydgoszczy. Podczas okupacji niemieckiej bóżnicę przekształcono na kinoteatr. Po wojnie gruntownie przebudowano na kino, które działało do 1988 r. Na początku lat 90-tych próbowano organizować różne wydarzenia kulturalne, ale stan obiektu stwarzał zagrożenie katastrofą budowlaną. W latach 2010–2011 przeprowadzono remont dachu i częściowo otynkowano. Właścicielem bóżnicy jest Fundacja Synagoga w Fordonie – Dom Kultury.