Pierwsi ewangelicy zamieszkali w Fordonie pod koniec XVIII w. Gmina ewangelicko-unijna powstała w 1822 r. Staroluteranie tworzyli osobną społeczność nie posiadającą w mieście kościoła.

W rejonie ul. Świeckiej (dz. Wyzwolenia 4) powstał dom modlitwy i szkoła luterańska. Kościół św. Jana wzniesiono w 1879 r. w stylu neogotyckim. Wyposażony był w dziesięciotonowe organy Sauera, które obecnie znajdują się w kościele św. Mikołaja.

W 1894 r. wzniesiono nową pastorówkę (obecna plebania).

Przez pierwsze lata działalności świątyni walczono z destrukcyjnym działaniem wilgoci. Problem częściowo rozwiązano, budując w 1893 r. piec kaflowy. Decyzją gminy dzwony oddano do przetopienia w 1916 r. Nowe ufundował właściciel cegielni Albert Medzeg na 50-lecie istnienia kościoła w 1929 r. Ostatnim pastorem był Otto Rutzen.

Po 1945 r. kościół zamknięto i przeznaczono na magazyn zboża i odzieży roboczej. W późniejszych latach planowano wyburzenie nieczynnej świątyni.

Proboszcz parafii św. Mikołaja ks. Stanisław Grunt podjął skuteczne starania, aby kościół ocalić. Przesądziła interwencja u ówczesnego premiera gen. Wojciecha Jaruzelskiego. W latach 1983–1985 przeprowadzono remont, a ks. bp Marian Przykucki poświęcił świątynię przeznaczoną dla Duszpasterstwa Akademickiego „Emaus”.

W 1990 r. erygowano parafię katolicką pw. św. Jana Apostoła i Ewangelisty. W świątyni zachowały się oryginalne empory oraz drewniany strop. Współczesne wnętrze zostało zaprojektowane w latach 90. przez Halinę i Włodzimierza Krzemkowskich.

W latach 2014–2028 wymieniono zniszczone elementy drewniane i usunięto farby olejne z empor, zabezpieczając je woskiem. Oczyszczono elewację ceglaną nawy i wieży.

1 kwietnia 1996 r. kościół św. Jana Apostoła i Ewangelisty wpisano do rejestru zabytków.

Przedsięwzięcie „Edukacja nad Wisłą” jest finansowane z grantu przyznanego Miastu Bydgoszcz w ramach projektu „Regiony Rewitalizacji Edycja 3.0”, którego źródłem finansowania są środki programu Pomoc Techniczna dla Funduszy Europejskich na lata 2021–2027 oraz Budżet Państwa